Bên cạnh đó, nhiều tội ác của quân đội Hoa Kỳ cũng được đề cập đến xung quanh các vấn đề về các nhà tù bí mật như Abu Graib hay Guantanamo, tại nơi đây, lính Mỹ đã thực hiện việc tra tấn và đối xử dã man với các tù nhân.

Vào năm 2004, tổ chức nhân quyền quốc tế Human Rights Watch ngày 7 tháng 3 năm 2004, đã công bố báo cáo chỉ trích Hoa Kỳ nặng nề trong việc vi phạm quyền của người Afghanistan, trong đó có việc người Mỹ ngược đãi tù nhân, sử dụng vũ lực quá độ trong việc bắt giữ một số người Afghanistan, là nguyên nhân gây ra những cái chết và thương tích trong thường dân. Báo cáo dài 59 trang này được thực hiện trên các nghiên cứu tại Afghanistan và Pakistan trong năm 2003, đầu năm 2004. Báo cáo còn cho biết những tù nhân được trả tự do cho biết họ bị đánh đập nhiều lần, dội nước lạnh, quỳ gối trong những tư thế gây đau đớn trong một thời gian dài.[29][30]

Năm 2006, Ủy ban Nhân quyền Liên Hiệp Quốc đã từng công bố bản báo cáo dày 54 trang lên án Mỹ đã vi phạm Công ước quốc tế về nhân quyền đối với các tù nhân bị giam giữ tại Guantanamo, bản báo cáo do 5 điều tra viên thực hiện sau 6 tháng tiếp nhận các cựu tù nhân ở Guantanamo và thu thập thông tin từ các luật sư và một số cơ quan của Mỹ (Mỹ không cho phép phỏng vấn riêng các nghi can đang bị giam giữ tại đây) theo đó, tù nhân tại đây bị đánh đập, bị tra tấn và ngược đãi, lính Mỹ đã bơm thức ăn qua đường mũi cho những tù nhân tuyệt thực, lột hết quần áo rồi đẩy họ vào những nơi thật lạnh hoặc xua chó dữ hăm doạ. Cũng theo bản báo cáo, hơn 500 tù nhân đã bị giam giữ không xét xử ở đây suốt 4 năm qua, kể từ sau vụ khủng bố 11/9/2001, mà không hề đưa ra tòa án xét xử.[31][32][33][34][35][36][37]

Trước đó, Chương trình Dateline của Đài SBS (Úc) công bố những hình ảnh mới về việc lính Mỹ tại nhà tù Abu Ghraib ngược đãi tù nhân Iraq vào ngày 15/2/2006, đài SBS đã công bố những hình ảnh về cảnh ngược đãi tù nhân tại một nhà tù tai tiếng khác của Mỹ - nhà tù Abu Ghraib. Trong một đoạn băng được phát sóng có cảnh các tù nhân Iraq bị làm nhục bằng cách phải phô những bộ phận kín ra trước máy quay, hay phải đập đầu vào tường. Những tấm ảnh được công bố còn cho thấy cả những xác chết; các tù nhân trần truồng trong những tư thế nhục hình, trong đó, có hai người bị xích cùng nhau. Ngoài ra là cảnh lính Mỹ tra tấn tù nhân Iraq.[31][38][39][40]